Mata da Albergaria, no Parque Nacional da Peneda-Gerês, o único parque nacional do país.
Ver artigo principal: Flora de Portugal
Ver também: Lista de anfíbios de Portugal, Lista de aves de Portugal, Lista de répteis de Portugal, e Lista de mamíferos de Portugal
O clima e a diversidade geográfica moldaram a flora portuguesa. No que diz respeito às florestas portuguesas estão muito difundidos, por razões económicas, o pinheiro (especialmente as espécies Pinus pinaster e Pinus pinea), o castanheiro (Castanea sativa), o sobreiro (Quercus suber), a azinheira (Quercus ilex), o carvalho-português (Quercus faginea) e o eucalipto (Eucalyptus globulus).
A fauna de mamíferos é muito variada e inclui a raposa, texugo, lince-ibérico, lobo-ibérico, cabra-selvagem (Capra pyrenaica), o gato-selvagem (Felis silvestris), a lebre, a doninha, o sacarrabos, gineta, e ocasionalmente urso-pardo (perto do Rio Minho, perto da Peneda-Gerês) e muitos outros. Portugal é um lugar de paragem importante para aves migratórias que se deslocam entre a Europa e África, em lugares como o Cabo de São Vicente ou a Serra de Monchique, onde podem ser vistos milhares de pássaros que voam a partir da Europa para África no Outono ou no sentido oposto na Primavera. Portugal tem cerca de 600 espécies de aves, entre as quais 235 nidificantes e quase todos os anos há novos registos.
Camaleão da região do Algarve
Portugal tem mais de 100 espécies de peixes de água doce que variam desde o bagre-gigante-europeu (Parque Natural do Tejo Internacional) a pequenas espécies endémicas que vivem apenas em pequenos lagos (Zona Oeste, por exemplo). Algumas destas espécies raras e específicas estão altamente ameaçadas devido à perda de habitat, poluição e secas. As águas marinhas portuguesas são umas das mais ricas em biodiversidade do mundo. As espécies marinhas são na ordem dos milhares e incluem a sardinha (Sardina pilchardus), o atum e a cavala-do-atlântico.
Em Portugal também é possível observar o fenómeno de ressurgência, especialmente na costa oeste, que torna o mar extremamente rico em nutrientes e biodiversidade. As áreas protegidas de Portugal incluem um parque nacional, treze parques naturais (o mais recente criado em 2005), nove reservas naturais, cinco monumentos naturais, e seis paisagens protegidas, que vão desde o Parque Nacional Peneda–Gerês ao Parque Natural da Serra da Estrela. Em 2005, a Área de Paisagem Protegida do Litoral de Esposende, foi promovida a Parque Natural para "a conservação do cordão litoral e dos seus elementos naturais físicos, estéticos e paisagísticos."
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